2008年3月11日,第十一届全国人民代表大会次会议第四次全体会议,讨论设立交通运输部。
2008年3月23日,中华人民共和国交通运输部在北京建国门内大街11号挂牌。2009年2月19日,常务会议正式批复了交通运输部的"三定"方案。交通运输部是根据2008年机构改革方案,在原交通部的基础上组建的,国家民用航空局、国家邮政局等部门均在此次"大部制"改革中划归交通运输部管理。为优化交通运输布局,发挥整体优势和组合效率,加快形成便捷、通畅、、的综合运输体系,组建交通运输部。将交通部、中国民用航空总局的职责,建设部的指导城市客运的职责,整合划入该部。交通运输部的主要职责是,拟订并组织实施公路、水陆、民航行业规划、政策和标准,承担涉及综合运输体系的规划协调工作,促进各种运输方式相互衔接等。同时,组建国家民用航空局,由交通运输部管理。为加强邮政与交通运输统筹管理,国家邮政局改由交通运输部管理。
2013年3月10日,根据第十二届全国人民代表大会次会议审议的《关于提请审议机构改革和职能转变方案》的议案,铁道部实行铁路政企分开。将铁道部拟定铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部;组建国家铁路局,由交通运输部管理,承担铁道部的其他行政职责;组建中国铁路总公司,承担铁道部的企业职责;不再保留铁道部 。
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