运输是木包装箱的一个重要的作用，一些包装箱厂用于搬运货物，节省资源，节省时间。在运输中木包装箱也存在一定的问题。运输过程中如有不慎也会给木箱造成损害。
运输过程中的问题
一.运载工具不清洁造成包装箱污染。如承载过煤炭、化肥、农 药等物质后，对运载工具不及时清洗会对再次运输的货物造成损害或污染。
二.运输途中不加盖蓬布造成雨淋、日晒，这也会造成包装箱破损、退色、老化等，在运输途中，尤其是长途运输，要加盖蓬布进行防雨、防日晒。
三.装载方法不当造成的木包装箱损害，如：
①装载货物不实，货与货之间有空隙，在运输途中造成货物之间互相碰撞、摩擦。
②装载货物倒置使内装物液体渗漏对其它包装箱浸泡和污染。
③货物在运载工具上的堆码不当，使底层货物承载过重，造成包装箱破损。除此之外，商品在运输过程中还有来自于汽车、火车、轮船、飞机等交通工具的振动等等，采取相应的措施。