投产后的管线，已经经过一次清管，管线内大的杂质已经排除，大部分是输气过程中天然气自带的水份、油、潮湿环境下天然气含硫物与铁壁反应产生的硫化铁、低温环境下天然气与水形成的水合物。这些存在管线内会降低输气效率，进入下游输气站场还有可能损坏设备，的办法是运行一段时间后组织人员对管线清管作业，将污物杂质推到下游输气站储液罐里收集起来。也会遇到卡球的时候，参考上一条处理方法。
1.运营中天然气管线：清除管线内部积水、轻质油、甲烷水合物、氧化铁、碳化物粉尘、二硫化碳、氢硫酸等腐蚀性物质；降低腐蚀性物质对管道内壁的腐蚀损伤；重新明确管线走向；检测管线变形；检查沿线阀门完好率；减小工作回压。2.运营中原油管线：管线内检测前清管、低输量间歇运行输油管线清管；清除管线内部的凝油、结蜡、结垢，达到减小输油回压、减小磨阻、降低输油温度的目的。3.化工物料及食用油管线：清理具有聚合性物料管线；隔离不同管输介质实现单管多品输送、计量管输介质。