发酵仓反应器堆肥系统在部分封闭或全部封闭的容器内，通过控制通风和水分等条件，使物料进行好氧生物降解转化。按搅拌和通风方式不同，可将其分为被动通风反应器系统、强制通风无搅拌反应器系统、强制通风有搅拌反应器系统和滚筒反应器系统四类 。 1 被动通风反应器系统，利用反应器内外的温度差异产生的风压，通过风力作用使空气进入发酵装置，为堆肥反应供氧 。具有节约能源、节省费用等优点。 2 强制通风无搅拌反应器系统，不对物料进行翻堆和搅拌，靠强制通风为 堆体供氧。系统通常由一个风机、多个发酵罐、一套尾气净化装置组成。在强制通风情况下 通过调整通风量，堆肥物料可以获得充足的氧气 因此反应装置体积大，生产能力强。 3 强制通风有搅拌反应器系统 在强制通风无搅拌反应器系统基础上 加设搅拌装置。在堆肥过程中，搅拌作用可以使物料更为均衡 与空气接触更为充分，降低物料之间温度、湿度和氧浓度的差异反应过程加快。 4 滚筒反应器系统，发酵仓为圆柱形滚筒 滚筒的轴线水平或是与水平方向有一定倾角。在驱动装置带动下滚筒以设定速度绕轴线转动 在滚筒内抄动装置作用下物料被反复抄起、升高、跌落 达到搅拌效果 。 相对开放式堆肥系统发酵仓堆肥系统有很多优点，占地面积少，空间限制少 能有效地控制反应进程，从而达到较好的堆肥效果，尾气收集处理，避免二次污染 不受天气等因素的影响。
有机肥发酵能快速分解有机质，同时强力降解蛋白质、发酵时间短，能有效杀死发酵物中的有害菌、虫、虫卵、草籽等。堆肥是常见的有机肥发酵方式，实际上，有机肥发酵是分为几个阶段的，包括发热阶段、高温阶段、降温阶段和腐熟保肥阶段，在发热阶段，堆肥中的微生物产生大量的热，不断提高堆肥温度，从20度左右上升至40度，接着进入高温阶段，在高温阶段中，好热菌为主要种类，其对有机肥中的有机物进行分解并产生热量堆积，温度在65度左右，一段时间后进入降温阶段，当高温持续一段时间后，其中的微生物活动微弱，降至40度以下，如果降温过早，其中植物性物质分解不充分，在腐熟保肥阶段，堆肥温度降至气温左右。
生物有机肥滚筒发酵设备能够在物料发酵过程中对物料进行充分搅拌，加速其与空气接触，保证发酵反应充分，以圆柱体滚筒作为发酵设备主体，运行时，堆肥物料在滚筒内部通过滚筒的机械运动被反复搅拌、 翻抛，使物料得到充分的混匀。 除滚筒主体部分外， 滚筒式堆肥反应器统还包括通风系统和尾气处理装置等。 滚筒反应器的堆肥周期只有4-7天，能快速的完成整个堆肥过程。滚筒倾斜放置，物料因重力作用沿旋转方向聚集， 同时逐渐向筒体出口端移动。滚筒用5cm厚的黑色橡塑隔热海绵进行全身包裹作为保温层，再用铝皮包裹保温层，保暖效果好。动力根据规格采用1.5-15KW电机，能耗消耗小，用电量省。