经地矿学家考证，雨花石形成于距今250万年至150万年之间，是地球岩浆从地壳喷出，四处流淌，凝固后留下孔洞，涓涓细流沿孔洞渗进岩石内部，将其中的二氧化硅慢慢分离出来，逐渐沉积成石英、玉髓和燧石或蛋白石的混合物。雨花石的颜色和花纹，则是在逐渐分离、不断沉积成无色透明体二氧化硅过程中的夹杂物而已。

雨花石的孕育到形成，经过了原生形成、次生搬运和沉积砾石层这三个复杂而漫长的阶段，也可谓是历尽沧桑方显风流了。