在沼气进入沼气水分离器之前，应设置有冷凝水罐或沼气颗粒过滤器。沼气水分离器可以消除沼气中夹杂的颗粒杂质，并使得沼气在进入脱硫前含有一定湿度。
当观察到脱硫剂变色，或系统压力损失过大时，应交替使用另一个沼气水分离器。当前的脱硫塔在沼气放空后，进行自然通风，对脱硫剂进行再生。当再生效果不佳时，应从塔体底部将废弃的脱硫剂排除，在底部排放废弃填料的同时，相同体积的新鲜脱硫填料加入反应器中。
沼气水分离器构造说明填充料说明：
TFC系列脱硫剂是以氧化铁为主要活性组份，添加有其他促进剂加工成型的净化剂。在常温下，对气体中的硫化氢有很高的脱除性能，对硫醇类有机硫和大部分氮氧化物也有一定脱除效果。
TFC系列脱硫剂在使用上具有设备简单、操作方便、净化度高床层阻力低、实用性强，无二次污染等特点，沼气脱硫净化装置即便在无氧无氨等苛刻条件下，也能精度脱除硫化氢。