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小作坊食品加工许可证办理主要有以下几方面困难：
1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开防止交叉污染，配备设备，通风系统，采光等都有严格要求。
2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.
3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.
办理食品生产许可证需要准备的材料：
1、有效期内名称预先核准通知书（或营业执照）复印件；
2、组织机构代码证复印件；
3、法定代表人、负责人或投资人的资格证明或身份证复印；
4、经备案的企业标准（无国家标准企业采用的企业标准）；
5、生产加工场所有关情况、平面图（标尺寸、面积等主要参数）及其有权使用证明材料（房产证、土地使用证或租赁合同）；
6、周围环境平面图；
7、各功能间布局图复印件（标尺寸、面积等主要参数）；
8、设备布局图；
9、工艺流程图