微生物实验室主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究，食品微生物实验室主要检测项目有：酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、菌落总数、大肠菌群、霉菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等），应该将实验室建在远离生活区，清洁安静的场所；要与生产加工车间较近的距离，方便扦样与检验。
实验室主题框架为彩钢板玻璃隔断，颜色为哑白色。隔断普通玻璃厚度为8MM，为防止沉积灰尘，窗料使用R25MM铝合金圆弧压线；所有二维连接处的内侧均使用R50MM铝合金内圆角，暴露在外的二维连接线的外侧则用R100MM铝合金外角连接。
根据中华人民共和国卫生行业标准WS233-2002《微生物和生物医学实验室通用准则》以及国家标准GB19489-2004《实验室生物通用要求》，生物实验室分为一级、二级、三级、四级，习惯上称为P1、P2、P3、P4。二级生物实验室对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害，具有有效的预防和措施。
通风空调系统为直排系统，不得采用部分回风系统。实验室的进风应经初、中、三级过滤。
实验室的排风必须经过滤或加其他方法处理后，以不低于12m/s的速度直接向空中排放。该排风口应远离系统进风口位置。处理后的排风也可排入建筑物的排风管道，但不得被送回到该建筑物的任何部位。