洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。
装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统；人流和物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。
根据区域环境、净化程度等因素，车间净化可为若干等级。一般来说，数值越小，代表净化级别越高。即百级>千级>万级>十万级>三十万级。不论是哪个级别的净化一般要经过初效过滤、中效过滤、过滤三个过滤段。净化过程从气流→初效净化→加湿段→加热段→表冷段→中效净化→风机送风→管道→净化风口→吹入房间→带走尘埃等颗粒 → 回风百叶窗→初效净化 ，重复这样的一系列过程，即可达到净化目的。
洁净厂房一般为大柱网、大跨度、大空间、无采光窗的密闭厂房。对于在密闭洁净厂房工作的操作人员来说，由于长期工作在人工照明环境下，对照明质量的要求更高。明亮舒适的视觉环境，不仅可以提高工作人员的视觉卫生，减少视觉疲劳，而且可以提高生产效率，保证工艺质量。
与普通工作车间相比，洁净厂房较为突出的特点就是无尘、洁净度高、不存在任何污染物。洁净厂房是一个应用行业非常广泛的基础性配套产业，它广泛应用于电子、微电子、光学、仪器仪表、精密制造、航空航天、生物、医疗、医药、日化、食品饮料等各类工厂和实验室。并根据行业的精密与无尘要求，等级差别也较大。