在获得了无菌环境和无菌材料后，还要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究或利用它们的功能，否则外界的各种微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的现象，在微生物学中叫做污染杂菌。防止污染是微生物学工作中十分关键的技术。一方面是彻底，另一方面防止污染，是无菌技术的两个方面。另外，还要防止所研究的微生物，特别是致病微生物或经过基因工程改造了的本来自然界不存在的微生物从实验容器中逃逸到外界环境中去。为了这些目的，在微生物学中，有许多措施。
无菌室一个应用行业非常广泛的基础性配套产业，在电子信息、半导体、光电子、精密制造、医药卫生、生物工程、航天航空、汽车喷涂等众多行业均有应用，并根据行业的精密与无尘要求，等级差别也较大。
级别的当属航天航空的航空仓，基本是属于1级，属于特殊领域，面积相对较小。
另外对级别要求较高的是生化实验室和高精纳米材料生产车间，物联网芯片的发展将是未来需求的一大方向。
随着电子元器件向微小化方向发展，液晶面板已经升级至第八代，行业需求非常巨大。
无菌室的使用与管理编辑 语音
（1） 无菌室应保持清洁整齐，室内仅存放必须的检验用具如酒精灯、酒精棉、火柴、镊子、接种针、接种环、玻璃铅笔等。&不要放与检测无关的物品
（2） 室内检验用具及凳桌等保持固定位置，不随便移动。
（3） 每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作台、门、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液喷雾空气，后紫外灯半小时
（4） 定期检查室内空气无菌状况，数应控制在10个以下，发现不符合要求时，应立即彻底。/无菌室无菌程度的测定方法：取普通肉汤琼脂平板、改良马丁培养基平板各3个（平板直径均9厘米），置无菌室各工作位置上，开盖曝露半小时，然后倒置进行培养，测总数应置37℃温箱培养48小时；测霉菌数则应置27℃温箱培养5天。`霉菌总数均不得超过10个为 。
（5） 无菌室前，应将所有物品置于操作之部位（待检物例外），然后打开紫外灯30分钟，时间一到，关闭紫外灯待用
（6） 进入无菌室前，必须于缓冲间更换过的工作服、工作帽及工作鞋。
（7） 操作应严格按照无菌操作规定进行，操作中少说话，不喧哗，以保持环境的无菌状态。
(8)吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管，如吸管碰到手及其它未的物体，必须重 新 更 换 ，以 防污染 。
(9) 接种针每次使用前后，必须通过火焰燃烧，待冷却后，方可接种培养物 。
(10)带有菌液的吸管、试管等器皿应浸泡在盛有5%的来苏儿溶液的桶内，24h 取出冲洗;培养皿则需在高压器中重新后方可处理营养基，切记不要直接冲入下水道中，防止阻塞。如有菌液洒在桌上或地上，应立即用 5%石碳酸溶液或 3%的来苏儿倾覆在被污染处至少 30min，再做处理，工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽后洗涤 。
无菌室内配置了百级超净工作台也并不是所有都可以进行实验的，一般常规的菌落总数、微生物培养、血细胞培养、研究、干细胞研究、大肠菌等实验可以在百级超净台进行。但是如果需要做致病，为了达到保护实验室人员的问题，就必须得建造生物实验室，使用生物柜进行实验。该类实验不能在普通的无菌实验室中进行。