无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台的台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。
准备工作
1． 先进行无菌室空间的，开启紫外灯30—60分钟
2． 检验用的有关器材， 搬入无菌室前必须分别进会
3． 操作人员必须将手清洗，穿戴好无菌工作衣、帽和鞋，才能进入无菌室
4． 进入无菌室后再一次手部，然后才进行检验操作
操作过程注意事项
1． 动作要轻，不能太快，以免搅动空气增加污染；玻璃器皿也应轻取轻放，以免破损污染环境
2． 操作应在近火焰区进行。
3． 接种环、接种针等金属器材使用前后均需灼烧，灼烧时先通过内焰，使残物烘干后再灼烧
4． 使用吸管时，切勿用嘴直接吸、吹吸管，而必须用洗耳球操作。
5． 观察平板时不好 开盖，如欲沾取菌落检查时，必需靠近火焰区操作，平皿盖也不能 大开，而是上下盖适当开缝。
6． 进行可疑致病菌涂片染色时，应使用夹子夹持玻片，切勿用手 直接拿玻片，以免造成污染，用过的玻片也应置于液中浸泡，然后再洗涤。
7． 工作结束，收拾好工作台上的样品及器材，后用液擦拭工作台。
无菌室内天花板应与风管、管道、灯具、风口等的安装脱开，光滑、无裂缝，易于清洗。无菌室的门窗材料应选择耐受性好、自然变形小、制造误差小、容易控制缝隙、气密性好的材料，采用双层中空玻璃结构的双层窗，既节约空间、又节约能源，还可以避免玻璃窗结露引起霉变，造成污染；窗尽量采用大玻璃，这样可减少积灰点，又有利于清洁工作。