在自然海域中，海马通常喜欢生活在珊瑚礁的缓流中，因为它们不善于游水，故而经常用它那适宜抓握的尾部紧紧勾勒住珊瑚的枝节、海藻的叶片上，将身体固定，以使不被激流冲走。而大多数种类的海马生长在河口与海的交界处，因而，它们能适应不同浓度的海水区域，甚至在淡水中也能存活。海马和海马的嘴很小，并且只宜觅食活饵，而不善于游水的它们又不能迅捷地捕食。
海马因其拟态适应特性，习性也较特殊，喜栖于藻丛或海韭菜繁生的潮下带海区。性甚懒惰，常以卷曲的尾部缠附于海藻的茎枝之上，有时也倒挂于漂浮着的海藻或其他物体上，随波逐流。即使为了摄食或其他原因暂时离开缠附物，游泳一段距离之后，又找到其他物体附着之上。
海马的游泳姿势十分优美，鱼体直立水中，完全赖以背鳍和胸鳍高频率地作波状摆动（每秒钟10次）而作缓慢的游动（每分钟仅达1～3米）。海马的活动一般多在白天（上午和下午），晚上则呈静止状态。海马在水质变劣、氧气不足或受敌害侵袭时，往往因咽肌收缩而发出咯咯的响声，这给养殖者发出“求救”的信号，但在摄食水面上的饵料时也会发声，应加以区别。
无论是热带的水域、温带的水域、浅水区、约百米深的海洋，甚至是淡水区都有它们的影踪。水母早在六亿五千万年前就存在了，它们的出现甚至比恐龙还早。全世界的水域中有超过250余种的水母，它们分布于全球各地的水域里。全部生活在海洋中。