1、申请机构不一样。商标是通过商标局进行申请的，版权是通过中国版权登记中心进行登记的。
2、保护对象不同。我国商标权的获得必须履行商标注册程序，而且实行申请在先原则。《中华人民共和国商标法》规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受法律保护。著作权一般自动产生，不需要经过某些特别程序，根据《中华人民共和国著作权法》的规定，我国的公民和法人以及非法人组织是以作品的完成为著作权产生的标志而不是发表时。
3、保护期限不同。商标的期限只有10年有限期，超过10年需要进行商标续展。而版权进行登记之后，保护期为作者终生及死后50年。
4、客体不同。商标是区别同一商品或者服务的不同经营者并表明商品或者服务质量的商标标识本身。而版权(著作权)是针对文字、音乐、艺术、科学创作等原创的保护
从知识产权保护的角度来讲，商标是有必要申请版权登记注册的，尤其是与内容相关的商标。
具体原因如下：
商标注册成功之后，只代表了商标所有人在商标使用方面会收到相关法律的保护;与成功注册的商标相关的名称、内容如果涉及到版权的，如果没有进行版权登记，容易被他人非法使用，不方便维权;及时对与商标相关的内容进行版权登记，有利于完善自身的知识产权保障体系;对成功注册的商标进行版权登记有利于提升知识产权的价值。所以说，成功注册商标之后，及时申请版权登记对于自身的知识产权是有好处的。一般情况下，如果申请商标的系图样，一般可以登记为美术作品或者摄影作品;由于商标申请周期较长，为避免被他人抢注，因此很多人在商标申请前都会进行版权登记来保护自己的原创作品。
我国《商标法》规定，如果别人用你的作品进行商标注册，那么我们可以向商标局提出异议。在条件充足的情况下，建议将商标申请注册后同时进行版权登记。
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