一个重要的自身问题是这类系统的抗干扰能力，特别是使程序不受输入信号波动的影响。输入信号的波动与系统通信通道和信息传感器通道中产生的干扰有关，也与模数转换器和电源组件参数的暂态不稳定性有关。为了避免暂态不稳定性，采用了在设计微处理器控制系统时广泛采用的硬件方法。作为避免干扰的编程手段，采用相同程序的二元和二元计算机方法是合理的。但是，当计算工具快速作用时，其应用是有限的。
机组微处理器保护系统的设计以及在电厂条件下的运行经验证明了微处理器系统在继电保护和自动化方面的应用前景，与传统的保护系统相比较，微处理器系统具有一系列重要的优点。这些优点是：设计算法时能够采用全新的方法；在二次系统对象上的所有设备均规格化；各连续的自动监控和自诊断功能，大大减少重量与外形尺寸的指标。