不同的传播机制引起的传染病，消毒的效果有所不同。肠胃道传染病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限，如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。呼吸道传染病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散，污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断传染。虫媒传染病则采取杀虫灭鼠等方法。
中水平消毒
杀灭除细菌芽孢以外的各种病原微生物包括分枝杆菌。达到中水平消毒常用的方法包括采用碘类消毒剂（碘伏、氯己定碘等）、醇类和氯己定碘的复方、醇类和季铵盐类化合物的复方、酚类等消毒剂，在规定条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
低水平消毒
能杀灭细菌繁殖体（分枝杆菌除外）和亲脂类病毒的化学消毒方法以及通风换气、冲洗等机械除菌法。如采用季铵盐类消毒剂（苯扎溴铵等）、双胍类消毒剂（氯己定）等，在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
药物消毒法
1）厕所、马桶、垃圾可用3%的漂白粉或2%氯酸钠上清液喷酒消毒，便具应浸泡1小时；患者的呕吐物及排泄物应用1%-20%双量的漂白粉充分拌匀后入置2小时。
2）房屋地面、门、窗、家具、玩具、运送工具等，可用0.2%-0.5%的过氧乙酸(过醋酸)喷雾或淋洗消毒；并按0.75-1克/立方米喷雾后密闭30分钟熏蒸。可作为居室和暴露物品表面及空气的消毒。
3）患者家属及接触者的双手可用0.2%过氧乙酸液浸泡2分钟，或用肥皂、流水冲洗数遍。
4）衣服、被褥、书籍、报纸、体验单、病历、人民币等均可用100毫升/立方米的甲醛密闭熏蒸12-24小时。