提示一：企业可考虑在“管理费用”明细账下设“研发费用”明细账，按各“研发项目”归集核算“内部研究开发投入”和“委托外部研究开发投入”。这样发生的全部研发费用就在一本账上反映，把在准备申请认定材料时要做的工作，当成日常事务给做了。既可以便于申请认定时注册会计师的审计核对，也有利于计算应纳税所得额时技术开发费的加计扣除，主管税务机关审核起来也方便。在填写《企业年度研究开发费用结构明细表》时，只需抄录注册会计师的审计报告即可。
提示二：企业应当设有专门的科研人员名册，一方面便于申请认定时对科研人员比例要求的核对;另一方面，便于在费用归集时的相互对应。企业应当和科研人员订有劳动合同，缴纳社会保险，强调的是科技人员在企业工作时间每年不少于半年(183天)。在支付科研人员人工费时，可以考虑集中制表且与劳动合同相一致。
提示三：企业在研发工作开展后发生的设备折旧和无形资产摊销可直接计算，企业可根据批准的研发项目立项报告，把“固定资产”和“无形资产”的管理部门调整为研发机构，以便正确计算折旧和摊销额。
提示四：设计(规划)费用、装备调试费要有合法证据，这些费用往往是发生在企业内部中，没有多少外来原始凭证，事后很难收集和核实，比如调试设备的次数和每次消耗电费、相关技术工人的人工。所以，企业应按内部核算的要求，做好原始记录和凭证，及时履行审批程序，逐月结算入账。
提示五：委托外部研究开发费用要注意项目成果及与企业主要业务紧密相关是衡量外部研发费用能否计入的重要因素。在签订委托合同时，应当特别注明。另外，发生的全部委托外部研发费用在申请认定时只能按80%计算，但在计算加计扣除时则没有这样的限制。