肝素钠存在于许多哺乳动物组织器官的肥大细胞中，但由于国情不同，各国生产肝素钠的主要提取物不同，欧美国家以牛肺为主，我国的生产线通常选用猪小肠粘膜。
肝素钠在我国生产历史悠久，其主要市场是出口创汇生化产品。通过粗肝素钠产品的精细化生产而得。肝素钠粗品的效价容易受到设备和工艺的影响，特别是操作人员的熟练程度和掌握这一工艺的能力，将直接体现在肝素钠粗品的效价上，所以要想提炼成高效肝素钠，就必须选择优质肝素钠粗品。
粗肝素钠产品是用清水仔细清洗新鲜猪肉肠，除去内外污垢和皮脂，然后磨成乳糜，搅拌，加入等量水，加入0.1%防腐剂拌匀而成。然后用少量稀碱溶液调节pH值至8≤9，再加入新鲜胰浆作为酶解剂，搅拌至40度左右，水解3h，加热至47°50℃，加入少量猪胰浆，继续水解4h，5h。离子交换吸附和真空干燥后，得到粗品肝素钠。
将粗肝素钠完全溶于2%氯化钠溶液中，制得溶解度在8%左右的粗肝素钠溶液。在这个过程中，溶液可以适当地加热和溶解。上述材料在夜间用5mol/L氢氧化钠溶液微调至pH=8.0-8.2，加热至78-80度。第一次氧化操作的终点是每1亿单位向紫红色中加入0.15-0.2mol/L高锰酸钾溶液，不褪色。当红色刚刚褪去时，应加入少量饱和亚硫酸钠溶液。等待上述液体适当冷却。精滤一次，当滤液温度降至36度时，再过滤一次，用少量饱和氢氧化钠溶液调节pH=10.5-11.0，在充分搅拌下缓慢加入少量3%-5%过氧化氢溶液，25-27度二次氧化16-24小时，氧化过程结束。之后，用“灭菌过滤器”对物料进行过滤，用少量盐酸将滤液调节至pH=5.8-6.5。加入体积为0.9倍的95%乙醇，在5-10度下沉淀24小时。
将上述沉淀物收集起来，溶于10%氯化钠溶液中，再加入3~4倍的95%乙醇沉淀，收集沉淀物(乙醇用于回收，蒸馏，脱水后可循环应用)。沉淀经无水乙醇脱水、精制、丙酮脱水、精制、丙酮脱水、远红外真空（50-60度）干燥，得到肝素钠的精品。