肝素钠，肝素原料药主要用于生产标准肝素制剂或低分子量肝素原料药。世界上约三分之一的原料药用于制备标准肝素制剂，其余三分之二用作生产低分子肝素原料药的原料。
肝素钠适用于预防血栓形成和扩张，减少心肌梗塞的发生，治疗急性深静脉血栓形成。预防左房室狭窄、充血性心力衰竭、左心房扩大、心肌病伴房颤、瓣膜置换或其他手术引起的全身循环栓塞。血栓栓塞是由于导管用于防止动脉和冠状动脉造影的操作所致。可作为急性心肌梗死的辅助治疗，减少血栓栓塞的并发症。特别适用于心肌梗死合并充血性心力衰竭、心源性休克、长期心律失常、慢性持续性房颤、复发性心肌梗死和既往静脉血栓形成或肺栓塞病史的患者。
肝素钠对羊水栓塞、死胎综合征、异种输血反应、暴发性紫癜、败血症、中暑、转移癌等疾病的弥散性血管内凝血（DIC）有效，但对蛇咬所致的DIC无效。作为体外抗凝剂。据报道，该药物可促进脂蛋白脂酶从组织中释放，该组织催化三乙酸甘油酯的水解以清除血脂，还可增强抗凝血酶III对血管舒张剂的抑制作用，从而抑制遗传性血管和神经水肿的急性发作。