第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与第一池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
现代污水处理技术，按处理程度划分，可分为一级、二级和三级处理工艺。污水一级处理应用物理方法，如筛滤、沉淀等去除污水中不溶解的悬浮固体和漂浮物质。污水二级处理主要是应用生物处理方法，即通过微生物的代谢作用进行物质转化的过程，将污水中的各种复杂的有机物氧化降解为简单的物质。生物处理对污水水质、水温、水中的溶氧量、pH值等有一定的要求。污水三级处理是在一、二级处理的基础上，应用混凝、过滤、离子交换、反渗透等物理、化学方法去除污水中难溶解的有机物、磷、氮等营养性物质。污水中的污染物组成非常复杂，常常需要以上几种方法组合，才能达到处理要求。
清理化粪池作业标准
1、化粪池内清理的粪便污水、污渍清运并妥善处理。
2、确保服务范围内所有化粪池粪便污水不外溢。
3、如出现化粪池污水外溢等异常情况，接到通知后须在8小时内到达处理。
4、在清理过程中，应当采取相应的安全防范措施。
如果出现人员呼入二氧化碳气体，应立即送到到地面， 并在通风处换风。同时，在上面的人员也必须戴好防毒面具及安全带，才能下池实施抢救行为，迅速将化粪池内清理人员脱离现场，安置在清凉通风处，必要时可以拨打120请求急救。 并对情况及时通报， 以便立即采取防范措施。