环境管理体系审核应保证其客观性、系统性和文件化的要求，应按审核程序执行。内审的程序应对以下内容进行规定：
A、审核的范围，可包括审核的地理区域、部门或体系要素；
B、审核的频次，应根据组织自身的管理状况和外部机构要求确定；
C、审核的方法，一般可包括检查文件及记录，观察现场及操作，与相关人员面谈等；
D、审核组的要求和职责，如审核组长及组员的能力与职责等；
E、审核报告及结果的要求和报送办法等。在开展每次审核前应制定审核计划（方案），包括人员与时间的安排。审核的内容应立足于所涉及活动的环境重要（复）性和以前审核的结果。
企业的最高管理层的高度重视和强有力的领导是企业实施环境管理的保障，也是取得成功的关键。由于最高管理层是组织的决策层，决定和控制着组织的发展情况，同时为管理活动提供资金、人力等方面的保障，并在实施过程中起到协调和引导作用，所以领导的作用是重要的。
环境管理体系运行模式环境管理体系围绕环境方针的要求展开环境管理、管理的内容包括制定环境方针、实施并实现环境方针所要求的相关内容、对环境方针的实施情况与实现程度进行评审、并予以保持等。环境管理所涉及的管理要素包括组织结构、计划活动、职责、惯例、程序、过程和资源等，这些管理要素与企业生产管理、人事管理、财务管理是类似，没有本质区别，ISO 14001标准将它们系统化、结构化，提出如下的环境管理模式。
环境管理体系模式遵循了传统的PDCA管理模式：规划（PLAN）、实施（DO）、检查（CHECK）和改进（ACTION），即规划出管理活动要达到的目的和遵循的原则；在实施阶段实现目标并在实施过程中体现以上工作原则；检查和发现问题，及时采取纠正措施，以保证实施与实现过程不会偏离原有目标与原则，实现过程与结果的改进提高。