发展回顾：

1991年2月1日，中国南方航空成立，并开始与中国航空货运公司利用安-12货机联合经营货物运输业务，重点对广州白云机场货物积压的航线实行货运加班或包机飞行。同年10月，运输公司升格并改为南方航空公司营运部，货运科升格为货运处。

1996年1月4日，南航将货运处等部门联合重组为运输部。5月4日，南航湿租俄罗斯贝加尔航空的两架安－12货机正式投入营运，两架货机首航天津，并陆续开通广州至成都、沈阳、哈尔滨等航线。2000年3月，南航货运用湿租亚特拉斯航空的波音747-400型飞机开通深圳-安克雷奇-芝加哥－深圳的货运航线，正式开始使用全货机经营。其自购的首架波音747-400F型货机于2002年6月开始交付使用。

2007年1月11日，南航货运进行业务重组，设立独立的财务处、人力资源处等共十四个二级单位，并于2008年10月将货运基地由深圳宝安国际机场迁至上海浦东国际机场。

2009年，南航货运订购的首架波音777-200型货机交付使用，随即在12月4日开通上海至法兰克福的往返货运航线。

2010年7月23日，为了推进南航广州货运转运中心的建设，南航货运开设了首条从广州始发的货运航线：广州－阿姆斯特丹。

2010年11月3日，在荷兰阿姆斯特丹举行的国际航空货运协会航空货运论坛暨博览会上，南航与天合货运联盟正式签署了入盟对标协议。南航货运按计划加入天合联盟货运，成为中国加入国际航空货运联盟的航空公司。